Pinnacle studio к сожалению не может работать с файлами типа mov.
Есть несколько способов способа преобразования файлов для использования в студио.
Опишу два из них.
В обоих случаях надо иметь Quick Time плеер версии про,
Теперь поподробней:

1. способ преобразование в серию картинок, открываете файл в Quick Time в меню файл выбираете экспорт появляется окно сохранить экспортированный файл как, имя файла я обычно оставляю прежним, тип файла все файлы, Экспортировать  видео файл – ряд кадров, щелкаете на параметры, выбираете формат TGA., частота кадров наилучшая выбираете параметры вываливается следующее окно параметры TGA, выбираете более 16.7 млн. цветов жмете ОК, еще ОК, затем выбираете папку куда сохранить кучу картинок,сохранить, затем у вас появляется табличка выполнение экспорта, затем она пропадает, у вас создалась последовательность TGA файлов. Устанавливаем в параметрах проекта время графики равной 00.01 Берем эти файлы ложем на вторую дорожку в пинакле в том, месте где на первой дорожке в вашем видео вы бы хотели вставить эту альфу.
Сам я редко применяю этот вариант мой пинакл не любит обилие картинок, а там их получается куча.

Я применяю второй вариант.

2. способ создание файла avi, не сжатого тогда в нем сохраняется альфа канал, открываете файл который хотите, в Quick Time, в меню файл выбираете экспорт, появляется окно сохранить экспортированный файл как, имя файла я обычно оставляю прежним, тип файла все файлы, Экспортировать; видео файл – avi, щелкаете на параметры, где видео должна стоять галочка, щелкаете на параметры далее вываливается следующее окно, выбираете тип сжатия без, частота кадров отличная, компрессия глубина выбираете более 16.7 млн. цветов качество ползунком выбираете отличное, жмете ОК, еще ОК, затем сохранить, затем у вас появляется табличка выполнение экспорта, затем она пропадает, все у вас создался файл некомпрессированное видео с расширением avi. Берем этот файл ложем на вторую дорожку в пинакле в том, месте где на первой дорожке в вашем видео вы бы хотели вставить эту альфу и радуетесь полученному эффекту.
Минус этого варианта большой размер полученного файла.